วัคซีนทั้งสองประเภทต่างก็มีจุดเด่น-จุดด้อย ซึ่งมีข้อเปรียบเทียบเพื่อประกอบการพิจารณาคือ

• วัคซีนไฟเซอร์มีประสิทธิภาพในการต้านทานไวรัสที่สูงกว่าวัคซีนซิโนฟาร์ม รวมทั้งไวรัสโคโรนา สายพันธุ์เดลตา ที่ระบาดในประเทศไทย
  

• วัคซีนไฟเซอร์ได้รับการรับรองจากองค์กรด้านสาธารณสุขระดับโลกหลายแห่ง รวมทั้ง อย. ประเทศไทย ว่าสามารถใช้สำหรับเด็กอายุ 12-17 ปีได้ ขณะที่วัคซีนซิโนฟาร์ม ทาง อย. ประเทศไทย ยังไม่ได้อนุมัติ (ข้อมูลเดือนกันยายน 2564) ยกเว้นกรณีเพื่อศึกษาวิจัยที่ไม่ต้องขออนุญาต อย. อย่างเช่นโครงการ VACC 2 School ของราชวิทยาลัยจุฬาภรณ์
  

• วัคซีนไฟเซอร์ถูกนำมาฉีดให้เด็ก ๆ ในหลายประเทศแล้ว เช่น สหรัฐอเมริกา สหราชอาณาจักร ฝรั่งเศส สเปน ฮ่องกง ฯลฯ ส่วนวัคซีนซิโนฟาร์ม ปัจจุบันมีการอนุมัติใช้กับเด็ก 4 ประเทศ คือ จีน ศรีลังกา สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ และชิลี (ข้อมูลเดือนกันยายน 2564)
  

• วัคซีนซิโนฟาร์มมีความปลอดภัยสูง เนื่องจากผลิตจากเชื้อตาย อันเป็นเทคโนโลยีดั้งเดิมที่ใช้ผลิตวัคซีนไข้หวัดใหญ่ วัคซีนโปลิโอ ฯลฯ ส่วนวัคซีนไฟเซอร์เป็นวัคซีนชนิด mRNA ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่ที่ยังไม่เคยใช้มาก่อน จึงยังไม่ทราบว่าจะมีผลกระทบต่อสุขภาพในระยะยาวหรือไม่ 
  

• ในเด็กผู้ชายจะมีความเสี่ยงภาวะกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบจากการฉีดวัคซีนไฟเซอร์ (วัคซีนชนิด mRNA) สูงกว่าเด็กผู้หญิง ส่วนใหญ่อาการไม่รุนแรง สามารถรักษาหายได้ ขณะที่วัคซีนซิโนฟาร์ม ยังไม่พบผลข้างเคียงที่รุนแรงในเด็ก
  

• หากมีประวัติเป็นผู้ป่วยโรคกล้ามเนื้อหัวใจอักเสบ หรือภาวะหัวใจล้มเหลว ควรปรึกษาแพทย์ประเมินภาวะของโรคก่อนฉีดวัคซีน mRNA

          เมื่อวันที่ 7 กันยายน 2564 ได้ออกคำแนะนำการฉีดวัคซีนโควิด 19 สำหรับเด็กและวัยรุ่น ฉบับที่ 2 โดยแนะนำให้ฉีดวัคซีนที่สำนักคณะกรรมการอาหารและยา (อย.) ให้การรับรองใช้ในเด็กและวัยรุ่นแล้ว ซึ่งปัจจุบันยังมีเพียงวัคซีนไฟเซอร์ชนิดเดียว พร้อมแนะนำให้เด็กอายุ 16-18 ปี ฉีดวัคซีนป้องกันโควิด 19 ส่วนเด็กอายุ 12-16 ปี แนะนำให้ฉีดวัคซีนในกรณีเป็นผู้ป่วยเด็กกลุ่มเสี่ยงที่มีโรคเรื้อรัง ขณะที่ส่วนเด็กอายุ 12-16 ปี ที่แข็งแรง และเด็กที่อายุต่ำกว่า 12 ปี ให้รอผลการศึกษาถึงประสิทธิภาพและความปลอดภัย

          ต่อมาเมื่อวันที่ 21 กันยายน 2564 ราชวิทยาลัยกุมารแพทย์แห่งประเทศไทย ได้ปรับคำแนะนำการฉีดวัคซีนให้เด็ก ดังนี้

          - เด็กและวัยรุ่นอายุ 16-18 ปี แนะนำให้ฉีดวัคซีนไฟเซอร์ 2 เข็ม ได้ทุกรายที่ไม่มีข้อห้ามในการฉีดวัคซีน
          - เด็กอายุ 12 ปี ถึงน้อยกว่า 16 ปีที่เป็นกลุ่มเสี่ยง มีโรคประจำตัว แนะนำให้ฉีดวัคซีนไฟเซอร์ 2 เข็ม
          - เด็กผู้หญิง อายุ 12-15 ปี ทุกคน สามารถรับวัคซีนไฟเซอร์ได้ 2 เข็ม
          - เด็กผู้ชายอายุ 12 ปี ถึงน้อยกว่า 16 ปีที่แข็งแรงดี ให้วัคซีนไฟเซอร์ 1 เข็ม และชะลอการฉีดเข็มที่ 2 ออกไปก่อน จนกว่าจะมีคำแนะนำเพิ่มเติม

          เนื่องจากข้อมูลความปลอดภัยของวัคซีนในเด็กผู้ชายยังไม่เพียงพอ จากข้อมูลในสหรัฐอเมริกา พบความเสี่ยงการเกิดกล้ามเนื้อหรือเยื่อหุ้มหัวใจอักเสบในเด็กชายอายุ 12 ปีจนถึงน้อยกว่า 16 ปี มีจำนวน 162.2 คน ต่อการฉีดวัคซีนเข็มสอง 1 ล้านโดส ขณะที่เด็กผู้หญิงพบอัตราการเกิดเพียง 13 คน ต่อการฉีดวัคซีนเข็มสอง 1 ล้านโดส